Этот суперкар был разработан инженером Джотто Биццаррини для компании Iso Rivolta, и первоначально он назывался Iso Grifo A3/C. Конструктивно автомобиль был продолжением серийной модели Iso Rivolta 1963 г., которая имела монокок вместо отдельного шасси, переднюю подвеску на двойных поперечных рычагах и заднюю ось DeDion.
Биццаррини только укоротил колёсную базу до 2450 мм и продвинул 5.4-литровый двигатель Chevrolet V8 как можно дальше от передней оси, чтобы обеспечить оптимальное распределение веса. Затем он обратился к дизайнеру Джорджетто Джуджаро, работавшему тогда в ателье Bertone, и результатом их сотрудничества стал один из самых красивых итальянских автомобилей 60-х гг.
Биццаррини создавал Grifo A3/C для гонок на выносливость, и ему было сложно убедить Ренцо Ривольту, сторонника умеренных спортивных автомобилей с посадочной формулой 2+2, финансировать его проект. Однако во время дебюта на Туринском автосалоне 1963 г. прототип Grifo A3/C вызвал всеобщее восхищение и был сразу же продан, затем американец Эд Хьюгс заказал себе такую машину для участия в 12-часовой гонке в Себринге. Творению Биццаррини пророчили успешную гоночную карьеру, но в 1964 г. первые выступления в Себринге, а затем и в Ле-Мане, оказались провальными из-за проблем с коробкой передач и тормозами. Самое большее, чего удалось достичь Iso Grifo A3/C - это первое место в своём классе в 24-х часах Ле-Мана 1965 г.
В 1965 г. отношения между Биццаррини и Ривольтой ухудшились. Биццаррини считал Iso Grifo A3/C своим личным проектом, поэтому решил запустить его в серийное производство под брендом Grifo, но Ривольта оставил за собой права на торговую марку. Поскольку автомобили и раньше собирались на фабрике Prototipi Bizzarrini в Ливорно, Биццаррини просто переименовал модель в Bizzarrini 5300 GT. В то же время компания Iso Rivolta выпустила свой вариант Iso Grifo, используя ту же платформу и двигатель, но в сочетании с немного изменённым кузовом от Bertone. Таким образом, в 1965-1969 гг. в Италии под разными марками производились два родственных автомобиля конструкции Биццаррини.
Хотя за стиль Bizzarrini 5300 GT и отвечал Джуджаро, кузова изготавливались из алюминия на фирме Пьеро Дрого в Модене, а позже - в ателье Carrozzeria BBM. Предельно низкий и обтекаемый корпус суперкара с наклонной крышей и волнистой поясной линией до сих пор считается эталоном изящества. Такие детали, как воздухозаборники в передних и задних крыльях, вентиляционные прорези вместо решётки радиатора и пластиковые колпаки на фарах, Биццаррини уже применял в знаменитой Ferrari 250 GTO. Bizzarrini 5300 GT оснащалась 4-ступенчатой механической коробкой передач Borg Warner Т-10, дисковыми тормозами Dunlop на всех колёсах и самоблокирующимся дифференциалом.
Специально настроенный двигатель V8 от Corvette развивал 365 л.с. в дорожной модификации 5300 GT Strada или 400 л.с. в гоночной версии 5300 GT Corsa. Также существовал вариант 5300 GT America для рынка США, который отличался задней подвеской на двойных поперечных рычагах и кузовом из стекловолокна. Всего с 1965 по 1968 гг. было построено 133 единицы Bizzarrini 5300 GT всех модификаций, не считая изготовленных в 1963-1965 гг. 25 экземпляров Iso Grifo A3/C.