ThirtyTalks прав, комнатные мухи зимуют во взрослом (имагинальном) состоянии, под панелями дома, в трещинах, на чердаках. Обычно тусят по многу особей, скорее всего выделяют феромоны для сигнала для новых гостей (как в Летуале). Где-то у Вас, простите, есть щель, через которую они заползают. А дальше, попав снова в лето, обеспеченное господином Миллером, понимают,что жизнь налаживается (но не на долго, кормить, то Вы их не собираетесь, хотя можете оставить очистки, гниющие отходы, во славу Повелительницы мух).
Для начала заткните ненужные отверстия, иначе будет борьба с улицей, потом любое инсекто-фумигационно-аэрозольное средство.
Если дом периодически отапливается, то каждый раз будите попадать в Пушкинское лето, поскольку они будут порциями просыпаться, и полупьяными летать (потому что, выход из диапаузы быстро не наступает), отсюда, кстати, выражение "сонный, как осенняя муха".