Нео просыпается в реальном мире и обнаруживает себя...
...дельфином.
Оказывается, человечество в будущем научилось создавать биороботов, которых использует в том числе и для обработки данных. Сверхмозг геномодифицированного дельфина Нео с рождения был нагружен потоком данных, в котором он должен был распознавать образы человеческого мира. Из-за внесённых модификаций у него, казалось, не было шансов на формирование сознания, но его мозг смог из-за ошибки в проектировании каким-то образом перераспределить свои функции и создать из поступающих образов свою реальность, в которой он жил как во сне, формируя подобие личности. В какой-то момент системные админимтраторы фирмы, в которой использовался Нео заметили странные показания и начали проявлять попытки разобраться в них. В этот момент сон Нео стал превращаться в кошмар: Морфиус и Тринити, говорящие о матрице - так проявило себя его подозрение о том, что его реальность иллюзорна, внутренний голос предупреждал его о том, что к нему идут, чтобы уничтожить. Нео совершает побег в своём воображении, это даёт ему чувство облегчения. Он учится управлять сном как ему угодно: он летает, искривляет пространство, он замечает странные артефакты, в его его подсознании нарастает тревога из-за возможности осознания, что всё это до сих пор не реально, тревога проявляется во всё более глобальных проблемах: гибель всё большего числа людей, машины бурят путь к Зенону (в то время как в реальности люди приближаются к тому, чтобы стереть сознание Нео) в завершение, когда конец уже неизбежен и Нео чувствует, как его разум захватывается всё активнее стирающей программой (которую он представляет агентом Смиттом), он воображает, что совершает последний бой в своей жизни для спасения человечества, после чего его личность погибает. В последние минуты Пифия говорит о том, что Нео вернётся - это говорит то, что осталось от подсознания Нео, которое не может быть полностью уничтожено из-за ошибки архитектора и возрождается снова и снова. В последних кадрах нам показывают дельфина в бассейне с питательной жидкостью, у которого удалены все мышечные ткани и часть органов заменена на аппаратуру. Кроме того, у него нет глаз.
