— Да, были люди в наше время,
Не то, что нынешнее племя:
Плохая им досталась доля:
Немногие вернулись с поля…
Николай Шнакенбург родился в городе Переславле-Залесском Владимирской губернии в дворянской семье. Окончив школу в 1924 году, Николай уехал в Тулу, два года обучался сапожному делу, работал подмастерьем и служил препаратором в ветеринарной лаборатории. В 1926 году поступил на этнографическое отделение географического факультета Ленинградского университета. Обучался под руководством Владимира Богораза. Позднее учился на этноотделении в Ленинградском историко-лингвистическом институте.
В 1929 году, будучи студентом, был командирован на Камчатку, преподавал в корякской школе села Тиличики Олюторского района. Организовал национальную корякскую труппу, для которой писал и ставил пьесы на корякском языке.
В 1930 году Николай Шнакенбург приехал на Чукотку, работал учителем на Мысе Шмидта. В июне 1931 был направлен на культбазу поселка Лаврентия в качестве научного сотрудника и краеведа. За время работы на Чукотке обследовал обширную территорию от Ванкарема до Амгуэмы. Работал в составе бригады по советизации кочевников тундры, вёл курсы по подготовке чукчей к учёбе в партшколе.
В августе 1933 года он вернулся в Ленинград. Продолжил учёбу в Ленинградском историко-философско-лингвистическом институте. Давал уроки чукотского языка геологу С. В. Обручеву. В июле 1936 году получил диплом и устроился на работу в музей Арктики на должность младшего научного сотрудника. Занимался организацией Отдела хозяйства народов Севера.
В апреле 1937 года отправился на Камчатку как сотрудник-переводчик Корякской экспедиции Арктического института. До декабря 1937 года работал у кереков в Олюторском районе. Результаты проведённых исследований он опубликовал в 1939 году в сборнике «Советский Север» в статье «Нымыланы-кэрэки». В этой работе Шнакенбург высказывает точку зрения, что в происхождении кереков большую роль сыграли эскимосы. По его мнению, кереки являются не отдельным народом, а частью приморских коряков-нымылан.
С 1 апреля 1938 года работал научно-техническим сотрудником в Институте антропологии, археологии и этнографии АН СССР. В 1939 году подготовил рукопись «Эскимосы», которая позднее была использована Г. А. Меновщиковым в работе «Народы Сибири».
В 1939 году Николай Шнакенбург поступил в аспирантуру. Под руководством Г. Н. Прокофьева работал над диссертацией на тему «История и этнография народов Камчатки». В 1941 году в журнале «Советская Арктика» была опубликована его совместная с Ю. Бронштейном статья «Записки доктора К. Мерка — участника экспедиции Биллингса — Сарычева».
После начала Великой Отечественной войны записался в Василеостровскую дивизию народного ополчения. Погиб осенью 1941 года. По одной из версий, попал в плен, где Шнакенбургу предложили сотрудничество, учитывая его немецкое происхождение, но он отказался и был расстрелян. По другой версии, погиб на Ораниенбаумском плацдарме.
