Примерно к 10-12 годам нильский крокодил становится половозрелым. К этому времени самцы начинают искать самку, чтобы оставить потомство. В зависимости от широты, нильские крокодилы откладывают яйца либо в засушливый период, либо в самом начале сезона дождей. Самка нильского крокодила ищет удобное для кладки место и вырывает ямку, туда откладываются яйца и затем закрываются листьями, грунтом и перегноем. Во то время как самка откладывает яйца, она крайне уязвима, в этот момент самка находится в анабиозе и ничего вокруг не видит, зато сразу после родов она очень агрессивна и готова напасть на любого, кто будет в поле видимости. Гнезда крокодилов иногда оказываются рядом и самки могут формировать что-то вроде детского сада, только с участием яиц, охраняя соседние гнезда, тем самым облегчая задачу других самок, так как в этот момент можно отлучиться, чтобы окунуться в воду или найти еды. Самки находятся с кладкой практически все время, на протяжении всего срока инкубации (85-95) дней. Пол у крокодила формируется в яйце в зависимости от температуры. Яйца, которые лежать ниже в кладке, имеют температуру на 2-3 градуса ниже и из них выходят преимущественно самки, при более высокой температуре получаются самцы. Когда приходит время родиться, малыши оповещают мать криком, похожим на кряканье. Самка разрывает кладку и помогает им выбраться наружу. При укусе весом в тонну, самка никогда не ранит малыша. Также крокодил весом в 350-400 кг не раздавит ни одного яйца. Когда малыши успешно выбираются наружу, самка берет их в пасть и несет в водоем. На протяжении какого то времени малыши будут находиться рядом, под защитой матери. Однако из 20-40 малышей двухлетнего возраста достигают единицы. У крупного крокодила практически нет природных врагов, однако малышами питаются практически все хищники.
