Интервью с командой Help Stop TB (Машинный перевод)
Уважаемые волонтеры, Команда Help Stop Tuberculosis сотрудничает с World Community Grid уже почти шесть лет и благодаря вам добилась жизненно важных результатов исследований. Мы надеемся, что вы найдете эту статью в стиле интервью информативной и ответите на все вопросы, которые могут у вас возникнуть об их исследованиях!
На что направлен ваш проект?
Наш проект направлен на изучение структурных и организационных свойств миколовых кислот: очень длинных жирных кислот, являющихся неотъемлемой частью лекарственной устойчивости туберкулеза. Миколиновые кислоты намного длиннее многих других липидов, что позволяет им складываться в сложные структуры, чего не может сделать обычная жирная кислота. Бактерии Mycobacterium tuberculosis используют эти сложные структуры для создания почти непроницаемой клеточной стенки, собирая миколовые кислоты вместе, как кусочки головоломки, не позволяя лекарствам и нашим иммунным клеткам эффективно выполнять свою работу.
Мы создаем симуляции складывания миколовых кислот с течением времени, чтобы наметить их поведение при складывании и понять, как формы, которые они принимают, изменяют свойства, которые они демонстрируют, однако для этого нам необходимо создать сотни потенциальных комбинаций различных кислот при различных температурах и растворителях. Именно здесь необходима World Community Grid, поскольку такие крупномасштабные симуляции и анализ были бы невозможны без помощи множества добровольцев, обеспечивающих вычислительную мощность.
Наша работа имеет ряд захватывающих потенциальных применений в будущем: во-первых, понимание того, как миколовые кислоты укрепляют клеточную стенку, позволит разработать более обоснованный дизайн лекарств. Если мы знаем, как это работает, мы можем узнать, как это сломать! Во-вторых, мы можем использовать знания, полученные о миколовых кислотах, для разработки наших собственных устойчивых клеточных стенок (например, в промышленных микробах, чтобы сделать их более устойчивыми) и, в более широком смысле, для исследования других очень гибких и «гибких» молекул.
Как на проект повлиял период простоя WCG?
Время простоя позволило нам консолидировать данные, рассчитанные WCG до сих пор, и позволило нам продолжить разработку идей для новых аспектов исследования, включая наш собственный «параметр покачивания» для описания гибкости молекул. У нас также был неотъемлемый и ценный член команды, Кристоф Ягер, который оставил проект ради новых пастбищ, поэтому мы тщательно планировали наши следующие шаги, чтобы справиться с этой потерей.
Чего достигли ваши исследования на данный момент?
Благодаря помощи волонтеров у нас есть один из самых больших гибких наборов данных молекулярной динамики, и мы добились быстрого прогресса в понимании очень сложных динамических систем. Это открывает новые возможности для машинного обучения и дает разные точки зрения на проблему кластеризации данных, которая в настоящее время является серьезной проблемой. Это предлагает нам потенциал для новых взглядов на другие интересные химические системы, которые до сих пор было трудно анализировать из-за их динамики, такие как внутренне неупорядоченные белки.
Что могут сделать волонтеры?
Мы ценим поддержку и энтузиазм волонтеров на форумах — моральная поддержка бесценна, когда наука становится сложной. Волонтеры всегда могут помочь, когда они повышают осведомленность сообщества о ценных проектах WCG и их более широком влиянии. Это особенно важно для нашего проекта, поскольку мы наблюдаем возрождение туберкулеза во всем мире на фоне пандемии COVID. Здесь ключевое значение имеет информирование о том, насколько опасной может быть болезнь, почему мы наблюдаем устойчивость к антибиотикам и важность глобальных программ вакцинации.
Планируются ли какие-либо расширения или новые проекты в ближайшем будущем?
На основе новых аналитических инструментов, которые мы разрабатываем с текущим набором данных, мы рассматриваем возможность расширения наших молекул до патогенетически важных факторов корда — важных с медицинской точки зрения производных миколовых кислот, которые мы уже рассматривали. Это даст дополнительное представление о том, как химическое соединение миколовых кислот меняет их поведение, и позволит нам дальше развивать наши идеи о моделях клеточных стенок для туберкулеза.
Спасибо доктору Анне К. Крофт за ваш вклад, а также всей команде HSTB за их участие в построении лучшего мира.
Оригинал статьи: https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articl...
