http://www.ign.com/articles/2015/06/02/xcom-2-welcoming-our-new-alien-overlords
Если коротко:
Почти весь сюжет XCOM:EU и EW объявляется неканонным( очень ранний Bad Ending);
Мы не победили пришельцев - нас раскатали в легкую;
XCOM никогда не получал развитое вооружение;
Мы теперь - не командир элитного спецназа, а закалённых партизан и бойцов за свободу;
Кастомизация стала полнее - от внешних данных до пола и национальности - можно сражаться одними лишь португальцами или женщинами;
Новые классы - переосмысление старых.