Распределенные вычисления

Их можно пустить на большое дело — включить их в программу распределенных вычислений для решения различных научных проблем — т. н. ГРИД-вычислений. Одним из первых примеров таких вычислений стал широко известный проект SETI@home— поиск сигналов инопланетян в данных радиотелескопов на компьютерах добровольцах по всему миру. Помимо него есть также и множество других, более насущных научных проектов — например, известный Folding@home, ныне завершенный, который занимался обсчетом фолдинга белков — т. е. в т.ч. поиском новых лекарств от рака и других опасных болезней. Ныне его эстафету подхватил проект Predictor@home и Rosetta@home и некоторые другие проекты.

Вообще эти приложения вы вполне можете установить на свой основной компьютер, ноутбук или даже есть некоторые версии и для смартфонов под Андроидом, где они будут работать в фоновом режиме и практически никак не будут мешать вам. Но мне по ряду причин делать так не очень удобно, и потому, когда я на днях собрал из старых запчастей второй комп — решил пустить его на благое дело, благо что он все равно обошелся мне почти бесплатно, разве что пришлось блок питания докупить за 500 руб. - ну он то лишним никогда не будет.

Я вообще не люблю выкидывать старые вещи — наверное, в старости заболею синдромом Плюшкина : ) Ну а пока что, как правило, я почти всегда нахожу им полезное применение. Так что если кому надо будет подкинуть старых бросовых компьютерных запчастей для той же цели, что и у меня — обращайтесь, их есть у меня, в городе Новосибирске.

Конечно, компьютер, собранных из таких запчастей, будет не ахти (см. фото), дохлятиной он будет, если честно. Тем не менее, есть у такого варианта выделенной машины только для ГРИД-вычислений и значительные плюсы. Во-первых, в отличии от основной машины я планирую его держать включенным круглосуточно, благо, что кулеры там стоят тихие. Для нужд распределенных вычислений это может быть очень полезно, потому что большая часть компьютеров, используемых по всему миру для распредвычислений, не используются круглосуточно — люди экономят ресурсы своих основных машин, да и загружены они бывают по своему основному назначению, а значит, грид-вычисления в это время не идут. Все это приводит к суточным и сезонным провалам в обсчете научных задач, что бывает очень неудобно для ученых. Если же в сети ГРИД-вычислений будет значительное количество пусть и слабых, но постоянно задействованных машин — это будет сглаживать спады производительности ГРИД-сети и ускорять вычисления. К минусам также можно отнести повышенное потребление электричества у вас из-за такой машины — но если вспомнить, что у нас по прежнему цена на электричество одна из самых низких в мире, несмотря на усилия Чубайса — таки не такие уж это большие деньги. Если кому интересно — потреблять такой компьютер будет примерно 100 Вт в час, или 72 Квт/час в месяц. При цене в 2 руб. за Квт/час (у нас так) выходит примерно 150 руб. в месяц.

С другой, положительной стороны — все тепло, которое выделит такой постоянно работающий комп, не исчезнет в никуда, а останется в вашей квартире или доме, что в такие морозы очень даже неплохо — дополнительное отопление никогда не помешает в нашем-то климате. Если кто помнит — были ведь именно такие проекты отопления помещений криптофермами. Так что если у вас есть залежи старых компов и комплектующих — пускайте их в дело, принесите пользу всему человечеству, а заодно и квартиру обогреете. Кто знает — возможно, благодаря появлению новых лекарств, когда-нибудь это вложение спасет жизнь вам или вашим близким!

Немного конкретики и советов.

Лично я задействовал не такую и старую материнку, на которой есть в т.ч. SATA-разъемы, хотя и техника без них вполне сгодится. Винчестер использовал IDE-шный, совсем старый, на 80 Гигов. Даже и меньше сгодится — приложение весит совсем мало, как и загружаемые куски кода для обсчета, так что даже 40-Гиговые диски сгодятся. А вот памяти я сделал побольше — 3 Гига, благо что ее у меня достаточно валяется. Если кому надо — подгоню 1-Гиговых ДДР2 планок. Есть также куча приводов ДВД и СД — хотя они и не очень нужны непосредственно для целевой работы, но если у вас материнка со старыми IDE-разъемами, они таки вам тоже могут сгодится для установки некоторого ПО с дисков.

Изначально я собирался ставить ОС Линукс, ибо он меньше отжирает ресурсов и и без того слабой машины. Однако есть у меня проблема районная — часто отключают электричество, а это очень не нравится Линуксу — ломается он от этого. И хотя, как говорят знающие люди, фиксить такие поломки нет никаких проблем — я лично делать это пока не научился, да и вообще не очень умею в Линукс. Посему я поставил Виндовс7 64-битную версию, ибо все, что старее — не видит память больше 2 Гигов, чего и вам советую, если памяти в собираемой машине у вас тоже будет много.

В настоящий момент большая часть проектов распределенных вычислений в научных целях сведена в рамках менеджера BOINC — это программный комплекс для быстрой организации распределённых вычислений. Он позволяет работать на вашей машине сразу нескольким разным проектов под общим управлением, что очень удобно, потому и вам его же советую. Вот ссылка в википедии - https://ru.wikipedia.org/wiki/BOINC

Мне почему-то не удалось через него установить ни SETI@home, ни Rosetta@home — вероятно, там и без меня достаточно волонтеров, с гораздо более мощными компьютерами.

Ну это ничего — я загрузил вместо них примерно аналогичные несколько проектов https://ru.wikipedia.org/wiki/World_Community_Grid.

На случай все того же отключения электричества советую включить BOINC в автозагрузку, что позволит включать компьютер после отключения света простой кнопкой питания, не заморачиваясь дальнейшими действиями. В итоге после того, как все будет установлено, ваша выделенная машина ГРИД-вычислений будет отлично обходится без мышки, монитора и клавиатуры. Также не забудьте в настройках электропитания установить постоянную работу компьютера без экономии электричества, иначе он через некоторое время уйдет в спящий режим и вообще отключится.

Напоследок про то, зачем это все надо.

Хотя вообще в мире, особенно в развитых странах, недостатка в добровольцах, готовых помочь продвинуть науку, сейчас особо нет — все же в последние годы некоторое количество людей соблазнилось, так сказать, золотым тельцом, и перебежали из научных ГРИД-проектов в разного рода майнинг криптовалют и тому подобного, работающих по тому же принципу, что и научные ГРИД-вычисления. Сейчас же популярность крипты заметно упала, и люди стали распродавать ставшее ненужным оборудование — да вот только не особо оно и нужно, ибо устарело. Да и просто старые компы люди, бывает, выкидывают — прогресс техники не стоит на месте. А между тем — многое из того, что уже никому не нужно, на самом деле еще вполне может послужить, принести пользу всему человечеству, если использовать такое оборудование с умом. Например, корпус компьютера, что на снимке, знакомые люди собрались выкинуть на помойку — но отдали мне, он вполне сгодился, и я на базе него собрал из говна и палок старых запчастей вполне рабочий комп.

Довольно часто на Пикабу люди пишут про свои болезни, в т.ч. и смертельные — про рак в том числе. Пока мы не особо можем чем-то помочь этим людям — потому что в некоторых случаях просто еще не придумано лекарство от такой болезни или такой стадии рака. Но ведь мы должны что-то сделать, а не только сочувственные посты писать! Предлагаю организовать на Пикабу научный флеш-моб — организовать свою команду ГРИД-вычислений, и дать раку по зубам! Лично я зарегистрировался на BOINC под ником "Pikabu_team1", и приглашаю всех, кому интересна эта тема, кто готов участвовать в команде — присоединяйтесь!

Информация о проекте Rosetta@home... 2019 год

Решил составить краткий список научных достижений за прошедшую пятилетку, которые стали возможными благодаря Розетте, чтобы иметь представление, в каких направлениях сейчас ведутся работы. Так как я не специалист по биологии и медицине, попробовал начать с научно-популярных статей, благо об успехах Дэвида Бэйкера и его коллег пишут довольно много и часто, чему в немалой степени способствует широта его взглядов и талант популяризатора. Первая попавшаяся мне на глаза статья в журнале Science [This protein designer aims to revolutionize medicines and materials] оказалась довольно удачной, ибо легко читается и вместе с тем описывает своего рода революцию, которая произошла за последние годы в области предсказания структуры белка и благодаря которой стало возможным проектирование и создание искусственных белков с нужными функциями. Суть этой революции иллюстрирует ролик из данной статьи, переведенный на русский язык:

https://youtu.be/QSfntmjVtpQ

(Как оказалось впоследствии, многие публикации переведены на русский язык, но они разбросаны по всему рунету без какой-либо системы и часто с произвольными заголовками. Поэтому там, где это возможно, я буду давать ссылки на руcскоязычный вариант, а на статьи, для которых перевода не нашел, -- в первоисточнике).

Вот, например, перевод хорошей обзорной статьи из Нью-Йорк Таймс всего годичной давности: Спроектируй своё тело

http://t-human.com/news/design-your-body

Более подробно о подходе, который иллюстрирует видео, можно также прочитать в другой статье на русском (под "коллективом ученых" там подразумевается Сергей Овчинников, работающий с Бэйкером, и его коллеги): Метагеномика помогла предсказать структуры для 614 семейств белков

https://nplus1.ru/news/2017/01/20/metagenomics

В целом, основные результаты, которые мне, как неспециалисту, удалось наскрести из научных и околонаучных публикаций, датированных пятью последними годами, сводятся к следующему (пусть компетентные люди меня поправят или дополнят, если что):

----------------------------------------------------------------

- Универсальное средство против гриппа. Создан белок, блокирующий гемагглютинин -- неизменную часть вируса гриппа, которая позволяет ему проникать сквозь мембрану внутрь клетки (Пару-тройку лет назад у нас об этом писали многие центральные СМИ: [Американские ученые нашли уязвимое место вируса гриппа, Препарат HB36,6 — спасение от всех штаммов гриппа, Искусственный белок побеждает грипп] и т.д.). Препарат впрыскивали в нос мышам, зараженным смертельной дозой вируса, или вводили здоровым мышам, которых впоследствии инфицировали. Все грызуны выжили. Как пишут в статьях, по эффективности он в десять раз превосходит представленный на рынке препарат Тамифлю. К тому же действует против разных штаммов вируса гриппа, который год от года мутирует. - В ходе этих работ были также созданы короткие белки ("mini-protein binders"), которые связывают и нейтрализуют смертельно опасный нейротоксин ботулизма. В экспериментах с мышами они предотвратили проникновение токсина ботулизма в клетки мозга [Разработан ускоренный метод создания тысяч стабильных белков].

https://www.interfax.ru/world/493799

http://novayagazeta-ug.ru/article/u4949/2016/02/09/132504

https://scientificrussia.ru/articles/iskusstvennyj-belok-pob...

https://hightech.fm/2017/09/28/protein-rapid

- Создан искусственный иммуностимулирующий белок для борьбы с раком -- функциональный аналог интерлейкина-2 (IL-2), но лишенный его побочных эффектов. В модели рака толстой кишки и меланомы у мышей соединение уменьшало побочные эффекты, связанные с α-рецепторами, сильно сдерживало рост опухоли и даже устраняло опухоли у части животных. Обычные IL-2, которые давали другим мышам, не выполняли последнюю функцию. По словам эксперта, новый препарат может позволить врачам предоставлять пациентам лечение в большем объеме и на более длительные периоды, чтобы помочь иммунной системе избавиться от рака. Он также может оказаться полезным в сочетании с одобренными иммунотерапевтическими препаратами, называемыми ингибиторами контрольных точек иммунитета, которые блокируют скрытие опухолей от иммунной системы. Пока белок был протестирован только на животных, но вскоре он может быть проверен и на людях [Создан белок против рака без побочных эффектов].

https://scientificrussia.ru/articles/sozdan-belok-protiv-rak...

- Созданы искусственные белки-ферменты, разушающие глютен (клейковину) -- вещество из пшеницы, которое содержится во многих продуктах, но не переносится большим количеством людей, страдающих заболеваниями ЖКТ или обладающих повышенной чувствительностью к нему. Лекарство может приниматься перед едой и затем участвовать в процессе пищеварения. В отличие от натуральных ферментов, искусственные белки действуют только на глютен, избегая побочных эффектов, и могут достаточно долго находиться в агрессивной среде желудка, не разрушаясь сами. В ближайшее время планируется их клиническое испытание на людях [Scientists Developing Designer Enzymes to Treat Celiac Disease].

https://theceliacscene.com/synthetic-biology-designer-enzyme...

- Созданы белки-ферменты (катализаторы), способные превращать атмосферный углекислый газ в органические молекулы -- потенциальный источник для углеродно-нейтрального топлива [Computational protein design enables a novel one-carbon assimilation pathway, Unleashing the Power of Synthetic Proteins]

https://www.bakerlab.org/index.php/2015/12/01/computational-...

http://www.futurepostponed.org/blog/syntheticproteins

- Ученые смоделировали и получили искусственный белок бочкообразной формы, внутренняя полость которого может связываться с молекулой DFHBI, светящейся в связанном состоянии. Когда белок ввели в клетки, содержащие мизерную долю DFHBI, те засветились [Watch these new ‘designer proteins’ light up when they hit their target]. Этот подход позволяет разрабатывать биосенсоры для диагностики и лечения опасных заболеваний, а также для мониторинга эффективности лечения.

https://youtu.be/48u0XQz5Mrw

http://www.sciencemag.org/news/2018/09/watch-these-new-desig...

- С применением данной методики разработаны белки-сенсоры, которые могут обнаруживать очень малое присутствие опиоидного вещества фентанил, что может использоваться в медицинских целях, в борьбе с наркоманией или для контроля окружающей среды [Computational design of environmental sensors for the potent opioid fentanyl]. По заказу военных ученые вывели генномодифицированную форму цветка-сорняка Резушка Таля, в которой присутствует этот белок. Его предлагается высаживать в местах предполагаемой химической атаки, и в случае появления фентанила в воздухе трава будет светиться) [Meet the Biochemist Engineering Proteins From Scratch, Sensors for the potent opioid fentanyl].

https://elifesciences.org/articles/28909

http://discovermagazine.com/2018/nov/all-in-the-fold

Также ведется аналогичная работа над биосенсорами для афлатоксина -- смертельно опасного токсина, вырабатываемого грибами на зерновых культурах и вызывающего рак печени. Зерно должно само сигнализировать о наличии в нем опасного вещества.

- Разработаны самособирающиеся белковые контейнеры (очень точно, на атомарном уровне), способные заключать в себе нужный груз (лекарство и т.п.) для доставки в организм. Одновременно они могут нести на своей поверхности белки, способные связываться с похожими белками на определенных клетках -- принципиально новый способ доставки лекарств к клеткам без побочных эффектов для всего организма [Самособирающийся белковый икосаэдр, Designed Protein Containers Push Bioengineering Boundaries].

http://www.vechnayamolodost.ru/articles/nanotekhnologii/samo...

http://www.ipd.uw.edu/2016/07/designed-protein-containers-pu...

- Новые белковые контейнеры как средство доставки генов через организм [Evolution of a designed protein assembly encapsulating its own RNA genome]. Эти гены могли бы исправлять наследственные болезни. Они также рассматриваются как способ перепрограммировать иммунные клетки на борьбу с раком.

https://www.nature.com/articles/nature25157

- Разработаны искусственные трансмембранные белки, их удалось изготовить внутри бактерий и клеток млекопитающих -- методика, которая позволит исследователям создавать трансмембранные белки с совершенно новыми структурами и функциями [Ученые создали сложные трансмембранные белки с нуля].

https://ab-news.ru/2018/03/04/uchenye-sozdali-slozhnye-trans...

- Обнаружена связь между болезнью Альцгемейра и тау-белком, который вызывает воспалительные процессы, приводящие к повреждениям мозга. Это многообещающее открытие может привести к появлению новых форм терапии этой болезни [Открыта важная роль тау-белка в болезни Альцгеймера].

https://hightech.fm/2017/09/27/alzheimer-gene

- Кроме того, ученым удалось спроектировать и скомпилировать библиотеку многих новых стабильных пептидных структур, которые могут служить базовыми платформами для архитектуры новых препаратов. Эти методы можно использовать для собственной разработки пептидов с абсолютно произвольными формами и функциями, исходя из требований пользователя. "Мы выделили огромное количество уникальных форм, которые могут образовывать пептиды. Это буквально руководство для разработки следующего поколения лекарств", -- заявляют ученые. [Зелёный свет пептидным лекарствам].

http://t-human.com/news/green-light-to-peptide-drugs

- Получены белки, самоорганизующиеся в поверхностный слой толщиной в одну молекулу, что предполагает возможность создания новых органических антикорозийных покрытий, солнечных батарей и электронных устройств [This protein designer aims to revolutionize medicines and materials, Unleashing the Power of Synthetic Proteins].

http://www.sciencemag.org/news/2016/07/protein-designer-aims...

http://www.futurepostponed.org/blog/syntheticproteins

- Получены белки, самоорганизующиеся в белковые нити. Они могут служить основой для различных областей применения: от новых диагностических тестов до производства сверхпрочных материалов и наноэлектроники [Впервые ученые создали с нуля самоорганизующиеся белковые нити].

https://medicalinsider.ru/news/vpervye-uchenye-sozdali-s-nul...

- Подобные белки могут также быть использованы и для создания энергоэффективных белковых логических систем. Самоорганизующиеся искусственные белки могли бы быть проще и дешевле в производстве, чем кремниевая логика [Unleashing the Power of Synthetic Proteins, Programmable design of orthogonal protein heterodimers]. В конечном итоге, мы способны создать молекулярные машины [Спроектируй своё тело].

http://www.futurepostponed.org/blog/syntheticproteins

https://www.nature.com/articles/s41586-018-0802-y

http://t-human.com/news/design-your-body

- Еще одна работа, вроде на русском, но я так и и не понял, о чем она : Самоорганизующиеся циклические белковые гомоолигомеры

https://rus.sciences-world.com/self-assembling-cyclic-protei...

Конечно, эти и другие исследования, включая разработку новых методик и алгоритмов, ведутся параллельно и одновременно разными группами, но общее представление о том, что и зачем считают в Розетте, думаю, получить можно.

Boinc - система распределенных вычислений

Я думаю, у многих, читающих этот блог, компьютер включен круглые сутки. Да и по собственному опыту знаю, что на работе у многих компьютеры так же не выключаются, зачем время тратить - электричество ведь 'халявное'. В лучшем случае во время 'простоя' компьютеры занимаются раздачей данных на торрентах, но ведь какие вычислительные мощности простаивают!

Наверное, после таких размышлений и родился проект BOINC. Это программная платформа для распределенных вычислений. Проект разработан в университете Беркли и дает возможность ученым задействовать огромные вычислительные мощности персональных компьютеров со всего мира.

Для решения многих задач в области математики, молекулярной биологии, медицины, астрофизики, климатологии требуются очень большие вычислительные ресурсы, но деньги на суперкомпьютеры есть не у всех, тут то на помощь и приходит Boinc. Во время 'простоя' ваш компьютер будет заниматься решением сложных научных задач, учитывая, что в проекте участвует несколько сотен тысяч человек, вычислительная мощность больше чем у дорогостоящих суперкомпьютеров.

Я участвую в проекте уже несколько лет.

В свободное время мой компьютер вносит свой посильный вклад в несколько проектов:

1. Seti@Home - наверное самый известный проект, он занимается поиском радиосигналов внеземных цивилизаций.

2. Rosetta@Home - вычисление третичной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Проект направлен на борьбу с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.

3. MilkyWay@Home - создает высокоточную трёхмерную динамическую модель звёздных потоков в нашей Галактике, для исследующий явления в межзвёздном пространстве.

4. Cosmology@Home - предназначен для поиска модели, наилучшим образом описывающей нашу Вселенную по результатам моделирования и наблюдения реликтового излучения.

На самом деле, проектов очень много и каждый найдет себе по душе:)

Изначально я поставил себе эту программу ради красивого скринсейвера))), но потом втянулся:)

Все-равно основной компьютер у меня включен всегда и выступает в роли файл-сервера/торрент-качался, так что мне жалко, что ли если он еще и чуть-чуть науке поможет:) Где-то в глубине души, тот факт, что компьютер не просто так стоит и качает всякую фигню из интернета, но еще и участвует в важной научной программе, производя сложные вычисления, тешит самолюбие:))) Кроме того существует множество рейтингов, и приятно когда российская команда Russia team, в которой я состою, обходит команду Англии:)

Boinc является открытой платформой и позволяет создать свой проект. Увы, российских проектов почти нет.

Существует украинский проект Magnetism@home по расчету магнитных конфигураций цилиндрических нано-элементов, но за все время я не получил ни одной задачи для расчетов от них, так что судя по всему проект существует только формально.

Первый российский проект еще находится на стадии тестирования. Это будет Gerasim@home, он предназначен для анализа качества разбиений граф-схем параллельных алгоритмов логического управления, полученных различными эвристическими методами.

Очень обидно, что наша наука так слабо представлена в этой системе распределенных вычислений. Ведь им есть что считать, но, наверное, морально проще выпросить денег на новый компьютерный парк и устроить 'попил бабла’.

Так что пока остается помогать мировому научному сообществу и ждать запуска российских проектов.

Кто как пришел Распределенные вычисления? (опрос)

http://forum.boinc.ru/default.aspx?g=posts&t=601#post14120

14 декабря 2010 г.

1. Други/знакомые посоветовали?

2.Случайно узнали, где-то на упоминание наткнувшись?

3.Агитация чья-то подвернулась?

4.Самим в голову пришло -- и искать начали?

5Что-то еще?

14 декабря 2010 г.

1 начал разгонять свежекупленный комп,

2 попал на сайт к оверклокерам,

3 заинтересовался межкомандными срачами...

14 декабря 2010 г.

Постоянно читаю www.3dnews.ru и в одной теме написали, что в августе нашли самый быстрый пульсар в проекте Einstein@home, а Эйнштейн это уже интересно, начал мучать ГУГЛ и наткнулся на РВ.

14 декабря 2010 г.

Собсно, мой вариант -- третий. Уже не помню чья объява на локальном чате.

Объява, кстати, была сочтена спамом и сопровожднулась баном.

14 декабря 2010 г.

Уж и не помню каким образом узнал о Классическом SETI. На модеме еще был. Потом забросил это все. Через несколько лет всплыло в подсознании и решил вернуться к этому занятию. Оказалось, что классики уж нет, зато есть БОИНК. ну и на форуме BOINC SETI@home Russia подвернулся с только что созданной командой SerVal. Вот nfr и пошло-поехало ...

14 декабря 2010 г.

шарился по железным новостям на оверах, наткнулся на ссылку на ФАХ. почитал, начал считать на буке на SMP клиенте. потом собрал по это дело комп и начал считать на видяхе. разгугался на оверах, по совету krasbars пришел в Russia Team.

как-то так.

15 декабря 2010 г.

4-й вариант.

Когда-то случайно узнал на одном локальном форуме об игре, где выращивают вртуальных амеб и проводят их бои. Около года выращивал на компе амеб. Потом амебный проект закрылся и я начал искать что-нибудь полезное, чтобы загрузить комп, так как это уже стало привычкой. Об РВ я краем уха слышал до этого, но не интересовался и не вникал особо. По ссылке в журнале "Вокруг света" нашел сайт CPDN и присоединился. Ну а потом обнаружил этот сайт boinc.ru, узнал о куче проектов и понеслось.

16 декабря 2010 г.

О распределённых вычислениях я узнал из журнала Linux Format №131 май 2010 г., статья "Стань частью петафлопа" стр. 50.

Ну а потом обнаружил, что в PB есть команды, и присоединился к "Russia Team".

16 декабря 2010 г.

Я пришел в РВ относительно недавно, любил всякие тесты, бенчмарки, и наткнулся в дебрях Интернета на seti classic,

установил, набил несколько заданий (вроде и кредитов тогда не было), тема стала интересна, я полазил по форумах, нашел

оптимизированный клиент, за пару недель насчитал полторы сотни заданий,вылез в середину списка, установил seti boinc

перейдя на setiathome.ru, какое-то время был там, потом заинтересовался и научной составляющей,

перешел в созданную Russia Team, было довольно таки интересно, Сергей делал Герасим с нуля,

потом приобретя ноутбук я на какое то время исчез так как с ноутбуком не выходило участвовать, да и другие дела были,

а в 2010 году приобретя четырехядерник я вернулся )).

20 января 2011 г.

Тоже где-то в сети наткнулся, потом долгий перерыв был, щас вот вернулся, выбрал команду - появился интерес толкать команду

А про амеб тоже тема, сам выращивал

16 февраля 2011 г

я искал какой нибуть тест для надежности железа, и паралельно почитвывал педивикию =)) ну и там случайно шастая по ссылкам наткнулся на статью по РВ. почитал, проникся и решил что впринципе это и есть неплохой тест для железа. заодно можно не только тупо греть железо тестами в краш-режимах, но и заодно кому то помоч в каких то научных или не очень расчетах. вот в данным момент гоняю Аквахоум по причине ее сильной загрузки камня, что и нужно. изредка выпадают синие экраны (свинья х64) ну рестартую, потихонрьку скидываю разгон и снова нагрузка. а вобще комп у меня включен в режиме 24/7 годами. чем тупо стоять в 0 нагрузке больше половины времени, пусть считает. тем более система приоритетов в винде норм работает и ОЗУ вроде пока достаточно (5 гектар) вот так вот.

11 сентября 2011 г.

Я наткнулся на распределенные вычисления, читая статью про суперкомпьютеры в журнале РЖД, который мне дали в купе поезда...там в конце был рассказ про "скринсейвер института Беркли", который используется для распределенных вычислений приехал домой, гуглил этот скринсейвер, так и не нашел...потом вышел на него через сайт института Беркли. Оказалось, что все гораздо серьезнее, чем скринсейвер, который по сути для показухи

12 сентября 2011 г

я наткнулся в сети на РВ в начале 2010, почитал, посмотрел и в итоге подключился в ноябре 2010, сами очки за задания меня не волнуют, просто интересно, что в итоге используя распред вычисления смогут нарыть учёные))

2 декабря 2011 г.

Наткнулся этой весной, в какой-то статье про проблему колатца - мол, был проект добровольных вычислений до хрен знает какого большого числа, а теперь идёт новый проект, до ещё большего. Полез искать добровольные вычисления, нашёл. Понравился Эйнштейн. Думал долго, целых два дня, потом подключился на домашнем компе. Ну типа чтобы считалось, пока я за компом работаю. Никто же не предупреждал, что через пару месяцев буду покупать видяху специально под Эйнштейна, а потом второй комп. И что компы дома будут пахать круглосуточно, а я буду выискивать, кого бы ещё уболтать и боинк ему поставить. Маньяк, блин, не иначе.

2 декабря 2011 г.

В астрономии есть так называемая задача трех тел. В детстве читал книгу "Как движется Луна?" Бронштэна, где говорилось, что аналитический метод решения этой задачи разработан, но "

Цитата: http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%97%D0%B0%D0%B4%D0%B0%D1%87%...

Сундман... свои решения представил в виде бесконечных рядов, которые сходятся стольк медленно, что для обеспечения нужной астрономам точности пришлось бы взять число членов, в котором 8 000 000 значащих цифр. Даже с помощью современных ЭВМ это невозможно, так что метод Сундмана не имеет пока практического приложения".

И примечание:

Цитата:

"для того, чтобы представить себе это число, не подходят никакие "космические" сравнения. Подчеркнем, что это не 8 милионов, а восьмимиллионнозначное число".

Для интереса: масса нашей Галактики, как считали в 1990-м году, когда и была выпущена эта книга, равнялась 1х10 в 44 степени граммам.

Честно: в той книге ничего не понял, ибо чтобы разобраться в ней, нужны знания высшей математики отнюдь не школьного уровня. Но эта цифра - 8 миллионов - крепко засела у меня в голове. И, рассматривая смеховторную загрузку процессора, не раз спрашивал, ну неужели не додумались объединить пару сотен компьютеров и рассчитать хотя бы достоверность этого решения?

Ну а года два назад купил "Астрономия: 21 век", где рассказывалось о SETI. Через этот проект вышел на другие.

9 февраля 2012 г.

рв досталоись в подарок вроде как в нагрузку с компьютером бэушным но досталось от друга такчто скорее всего первый вариант за него и проголосую

4 апреля 2012 г.

Я узнал про РВ этой весной. Началось всё с докуметалок Стивена Хокинга (от канала "Дискавери" ), потом полез в Педивикию почитать про него, потом про космологию, пульсары и т.д., и как-то наткнулся на инфу про SETI@home, ну и понеслась Ящик большой под новый комп уже купил, теперь буду его железом набивать, не иначе, хотя жене после каждого апгрейда обещаю, что теперь-то уж комп хорош А сам посматриваю на платформу LGA2011, типа, чего уж мелочиться-то. Дело интересное... ЧСВ повышает немерено.

4 апреля 2012 г.

В августе 11 на Хабре появилась статейка http://habrahabr.ru/post/125964/ . От скуки на работе решил установить посмотреть что к чему, с чем едят... Потом на домашный установил, потом на ноут.. До сего времени дожили только дом и работа, ноут влом выключать.

10 июля 2013 г.

В журнале "Computer Bild" №29(152)2011 читал о том, что современные видяхи могут ощутимо помогать камням по части неграфических вычислений. Там и про CUDA, и про Stream, и про OpenCL, и всуе упомянутый SETI@home,) да святится имя Его... Можно сказать, почти случайно узнал про добровольные вычисления.

27 июля 2013 г

Мне знакомый как-то рассказал, что участвует в Boinc, помогает науке искать лекарства от болезней. Так и узнал. Ну и сам заинтересовался.

27 июля 2013 г.

Пару лет назад сайте xakep.ru прочитал статью про распределённые вычисления. Вкратце описали несколько проектов, в том числе AQUA@home, который показался мне достаточно интересным. С тех пор и считаю.

18 мая 2014 г.

Я узнал про распределенные вычисления на астрофоруме: http://www.astronomy.ru/...m/index.php?action=forum

26 августа 2015 г.

О распределённых вычислениях узнал давно, в конце ХХ века. Из журнала «Компьютера», была статья о проекте SETI. Попробовал считать на сотом Пентиуме, но через модем связь … и всё быстро закончилось . Пять лет назад по ТВ мелькнуло о SETI. Вспомнилось, поискал в сети, наткнулся на BOINC и пошло-поехало.

Кстати, сегодня пятилетие моего участия в проекте.

28 августа 2015 г

Я кстати то же слышал об этом уже давно и даже считать пытался. Но потом как-то забросил. Да и машинка тогда была совсем слабая - Celeron 1000 с 512 Мб ОЗУ на борту, (хотя и нынешняя по современным меркам уже совсем слабая).

Ubuntu Linux 18.04 LTS - 64 bit / Boinc 7.9.3(х64) / Core 2 DUO E6300 1.8 Ггц / GeForce GT-630

28 августа 2015 г

Как не странно, но благодаря майнингу криптовалюты. На тот момент была Geforce 260, стал искать что-то другое, случайно наткнулся на рекламу Seti, зацепило и понеслось.....

3 февраля 2016 г.

Давным давно, в далекой далекой галактике....... нет, нет не про SETI )

Случайно наткнулся на просторах еще модемного (да-да был и такой) выхода в Инет на ссылку Distributed.net. Зацепило и понесло… и несет так уже 14+ лет в режиме 24/7 * на несколько компов )

Что бы не быть голословным, вот ссылка на мои достижения

В BOINC я не давно и на втором заходе, с перерывом примерно в год. Начал знакомство с BOINC в проекте SIMAP, проект закончился, тут и состоялся годичный перерыв, и теперь, естественно, Moo! Wrap. Надеюсь еще лет на 10 проекта хватит)

4 февраля 2016 г.

А вот у меня с распределёнными вычислениями - не совсем обычная история!

Ну с компьютерами я имею дело можно сказать всю жизнь, с 7-8 класса с 1989-1990-х годов и фортраном и бейсиком и паскалем и ассемблером занимался.

И про то, что распределённые вычисления существуют, ИМЕННО ТО, ЧТО В КРУПНЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХ И НАУЧНЫХ ЦЕНТРАХ большие задачи делят на мелкие и вычисляют - это я знал всегда, с самого детства.

А когда учился в 10 или 11 классе (1993-1994 годы) то даже на уроке информатики нам рассказывали, что есть суперкомпьютеры, и что есть вычислительные кластеры и снова повторюсь "ЧТО В КРУПНЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХ И НАУЧНЫХ ЦЕНТРАХ большие задачи делят на мелкие и вычисляют".

Потом, когда заканчивал университет, был на 5 или 6 курсе, это 2000 или 2001 годы - то там даже один однокурсник делал какую-то простенькую задачу в качестве дипломной, суть которой была разделить вычислительную задачу, выполнить вычисления параллельно сразу на нескольких компьютерах и собрать данные на один компьютер. И даже видел на демонстрации как это работает.

А потом, с 2000 года стал работать в университете, обслуживать компьютерную сеть, компьютеры.

Прошло ещё целых 8 лет.

И так вот удивительно получилось, что всю жизнь посвятив компьютерам, и всегда зная про то что распределённые вычисления существуют - Я ДО САМОГО 2008 ГОДА, ПОЧТИ ДО 30 ЛЕТ НЕ ЗНАЛ, ЧТО СУЩЕСТВУЮТ РАСПРЕДЕЛЁННЫЕ ВЫЧИСЛЕНИЯ, ГДЕ ПОДКЛЮЧИТЬСЯ МОЖЕТ ЛЮБОЙ ЖЕЛАЮЩИЙ!

В общем, вот такая у меня необычная история! Суть рассказ в том, что с детства всю жизнь посвятил компьютерам, всю жизнь знал про распределённые вычисления, но почти до своих 30 лет (2008 год) всегда думал, что они применяются только ВНУТРИ крупных вычислительных центров, крупных научно-исследовательских организациях. А то что существуют проекты, к которым может подключиться любой желающий, - я не знал!!!

И лишь в 2008 году и то чисто случайно пришло приглашение в контакте в группу про folding@home - вот так я впервые узнал, что существуют распределённые вычисления, к которым может подключиться любой желающий.

Мне самому до сих пор не верится, что такое могло быть именно со мной! Но было именно так.

6 февраля 2016 г.

На заре нулевых, обучаясь в вузе и имея безлимитный доступ в интернет, узнал про SETI и контрибутил туда, но ноутбук студента не тянул. Так что забросил быстро.

А сейчас занимаясь инвестициями стал инвестором проекта в области суперкомпьютинга, решил вернуться в религию.

Опять же простаивает большой игровой компьютер.

Периодически общаюсь с учеными, хочу найти команду русских ученых, которым для биологического или матриаловедческого проекта нужен суперкомьютинг и попробовать сделать BOINC проект с ними.

Главная идея, которую преследую - пропаганда и активизация индивидуумов на пользу не себе, а общества в целом, путем выполнения даже простых, но нужных операций.

16 июня 2017 г.

Через поиск, искал инфу про проц

24 сентября 2017 г

Всем доброго времени суток!)

А меня всегда тянуло к дата-центрам, стойкам, мерному гулу серверов и миганию светодиодов, и хотелось иметь свою небольшую серверную) Раньше майнингом баловался, но постепенно прибыль на процессорах и простеньких видюхах сошла на нет, и я стал неспешно искать, чем занять пустующие мощности. Очень долго искал - хотелось и интересное что-то, и чтобы пользу приносило. Вновь наткнулся на boinc, и решил загрузить компы им) Надеюсь, внесу свой вклад, и, может, поучаствую в приятном общении)

25 сентября 2017 г.

Здравствуйте, я прочитал какую-то статью про распределенные вычисления и пошел на сайт боинк.ру ради интереса установил клиент боинк. И потихоньку считаю и сейчас. Мой комп и ноутбук коре соло 1.4 считают примерно 3 - 4 часа в день пока за ними кто нибудь сидит. Считается XANSONS for COD.

Пытался агитировать знакомых установить и посчитать, не верят что кому либо это нужно, многие не понимают концепции, боятся у вдруг это майнить на мне будут, а я тут такой доверчивый предоставлю им свой комп.

24 января 2019 г.

Безобразие!До сих пор не отписался, чтобы было на что пофапать со скуки))

Общался с ПК на Вы с 2001 где-то... В году 2005м я поимел свой и дядя дал мне знать про сайт overclockers.ru, откуда ~ в 12г видел, что

есть такой раздел сайта, занимающийся благотворительными вычислениями. Раньше, видимо, не обращал внимания, да и Dial-UP не к ночи помянутый, удерживал меня от обогащения инфой. Надо отметить что на тот момент я себе не предсталял про майнинг Но тогда тема "я+кранч" не получила продвижения, у меня был довольно слабый проц начальный AMD на 754 всего одно ядро. А видюха, АГП 1650про, даже не думал, что ее тоже можно задействовать, был неопытен в вопросах настройки всякого софта. И да, 1вый год еще только был безлимит, до этого - интрасеть, короче много инфы полилось извне и это тоже был фактор.

И лишь в 2015, когда я изыскал возможность приобресть жутко горячую и энергозатратную 560Ти, которую включил в Folding@home, я непосредственно познакомился с добровольным* кранчингом. Мне, плюс ко всему, нужно было какое-то новое коммьюнити. *-Правда, в каком смысле добровольным, мной сразу уже подхвачена была тема с оплатой розетки FLDC, которая сейчас переживает упадок. На сегодняшний день увеличил вычеслительную мощь своей системы в 200-250 раз. Вряд ли это было возможно такими темпами без распределенных вычислений.

Благодаря распределенным вычислениям совершен научный прорыв в лечении детского рака

2016 год

Проект Help Fight Childhood Cancer (дословно: помогите в борьбе с детским раком), входящий в РВ инициативу IBM World Community Grid: благодаря собранным «с миру по нитке» (CrowdComputing?) вычислительным мощностям, сделан научный прорыв в лечении рака (конкретно одной из его разновидностей, распространенной у детей — нейробластомы).

Перевод публикации доктора Акира Накагавара.

В настоящее время благодаря успехам современной медицины порядка 80% детей с диагнозом «рак» успешно излечиваются. Но прогноз далеко не столь хорош, когда речь заходит о нейробластоме — наиболее часто встречающемся виде рака в младенческом возрасте.

Нейробластома — это опухоль периферической нервной ткани, которая часто начинает развиваться в надпочечных железах и симпатической нервной системе шеи, груди или живота. Данное заболевание весьма распространено. По данным наблюдений, в США и Японии 1 случай на 8000 детей.

Более половины выявляемых случаев этого заболевания относятся к высоко рисковой группе, в которой добиться выздоровления удается только для 30% детей. И эти показатели практически не улучшались за последние 20 лет. Так что срочно требуется разработка новых лекарств/методов лечения для этого опасного заболевания.

Наша научная команда в Онкологическом Центре г. Чиба (Япония) работала над разработкой новых лекарств для лечения нейробластомы. С помощью волонтеров, участвующих в проекте распределенных вычислений World Community Grid, мы открыли 7 перспективных кандидатов на применение в качестве новых лекарственных средств, которые потенциально можно использовать в новых методах лечения детского рака — нейробластомы. Эти лекарства-кандидаты работают по принципу выборочной активации природного механизма «самоуничтожения» только в раковых клетках нейробластомы, убивая их не затрагивая при этом обычные здоровые клетки.

Клетки нейробластомы имеют на своей поверхности рецептор, обозначаемый TrkB. Когда молекула (прим: только правильной 3d-конфигурации) присоединяется к этому рецептору и этим блокирует его работу, естественный ген, подавляющий рост опухолей p53, активизируется внутри клетки, вызывая саморазрушение клеток нейробластомы изнутри в процессе, называющимся «апоптозом». Апоптоз — это один из естественных процессов, протекающих в организме, одна из основных целей которого как раз состоит в уничтожении (саморазрушении) поврежденных или мутировавших клеток, прежде чем они сформируют опухоль. Однако работа рецептора TrkB в клетках нейробластомы подавляет (блокирует) эту естественную защитную функцию организма. Аналогичные процессы с участием TrkB происходят во многих «взрослых» видах рака, включая рак груди, легких, поджелудочной железы, простаты и кишечника, когда они переходят на стадию метастазирования (т.е. начинают распространяться по организму за пределы изначального места образования опухоли). Это означает, что эти последние открытия, вероятно, пригодятся так же и в лечении «взрослых» видов рака для борьбы с метастазами.

Наша стратегия состояла в поиске малых молекул (прим: так обычно называют относительно простые химические соединения, чтобы отличать их от наиболее сложных биологических молекул, таких как ферменты, пептидные гормоны и другие белки), которые связывались и подавляли функционирование TrkB рецепторов на раковых клетках. Счет известным химическим соединениям, которые потенциально можно использовать в медицине, сейчас идет на миллионы, поэтому синтезировать их все подряд и проверять на практике в лаборатории невозможно. Вместо этого в партнерстве с World Community Grid мы запустили проект под названием Help Fight Childhood Cancer, в котором для проведения такого поиска использовалось широкомасштабное компьютерное моделирование. В общей сложности в работе проекта приняло участие более 200 000 человек, безвозмездно предоставлявших вычислительные мощности своих компьютеров для проведения необходимых расчетов. С помощью этой огромной вычислительной мощности мы провели скрининг 3 миллионов химических соединений всего за 2 года — что на одиночном компьютере заняло бы порядка 55 000 лет непрерывной работы (прим: речь идет о суммарном чистом процессорном времени моделирования), и позволило выявить 7 веществ-кандидатов в лекарства для более подробного изучения.

После дополнительного лабораторного тестирования мы обнаружили (прим: результат уже подтвердили на практических экспериментах!), что эти 7 кандидатов очень эффективны в уничтожении опухолей нейробластомы на подопытных мышах — даже в очень малых дозировках и без серьезных побочных эффектов. Данные результаты были опубликованы в рецензируемом научном журнале «Cancer Medicine» в январе 2014 г.

На основании этих очень обнадеживающих исследований в данный момент мы ищем партнера среди фармацевтических компаний для дальнейшей совместной работы по тестированию и сертификации в качестве лекарственного средства.

Этот прорыв в исследованиях стал возможен благодаря поддержки тысяч волонтеров со всех уголков мира, предоставлявших вычислительные мощности через проект распределенных вычислений World Community Grid. От лица нашей исследовательской команды я хотел бы поблагодарить от самого сердца всех волонтеров World Community Grid принимавших участие.

Автор: Акира Накагавара (доктор медицинских наук, президент Онкологического Центра г. Чиба, Япония)

Конец перевода. https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArtic...

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cam4.175/full

Оригинал пресс-релиза, с которого делался перевод, доступен по ссылке: New hope in the fight against childhood cancer Желающие более детально ознакомиться с исследованием могут воспользоваться ссылкой на полную научную статью опубликованную в журнале Cancer Medicine: Identification of novel candidate compounds targeting TrkB to induce apoptosis in neuroblastoma

Несмотря на то, что описанные результаты были получены около года назад, до готового лекарства в продаже еще далеко. На Западе путь от научного результата, подтверждающего эффект, до лекарства в свободной продаже, занимает от 2–3 лет в лучшем случае, и до 5–7 лет в сложных. А в случае с результатами открытых РВ вычислений — это дополнительно осложняется слабым интересом/мотивировкой фармацевтических компаний. Из-за того, что исследование было некоммерческое (лаборатория работает на правительственный гранты, РВ сеть — добровольные пожертвования волонтеров), такое лекарство нельзя запатентовать и «снять сливки». Точнее лекарство (бренд) запатентовать можно, но вот основное действующее вещество и схему его применения — нет. Так что любая другая компания сможет выпускать дешевые аналоги (под своими названиями и брендами), не неся при этом больших первоначальных затрат на выведении нового лекарства на рынок как первая.

Boinc

Первоначально размещено на Мак Сим Blog. Игра в слова. Вы можете оставить комментарии здесь или на там.

Забавно, но часто мы даже не замечаем, как изменился мир вокруг нас. Взять хотя бы компьютеры. Ноутбук, что я таскаю с собой в сумке стоимостью примерно в 400$ легко по всем параметрам заткнёт за пояс железки которые были у меня дома ещё совсем недавно и казались просто венцом инженерной мысли. К нетбуку же сейчас отношение как к недотехнике, этакому большому калькулятору. Ну как же? Всего два ядра, да и те на Atom, жалкий гигабайт оперативки и т.д. Но ведь на самом деле это достаточно мощный компьютер и не его вина, что современные операционные системы и программы просят намного большего. Это речь только о моём N150... что же тогда говорить о домашних (пусть и не самых крутых на сегодняшний день) игровых станциях.

http://ru.wikipedia.org/wiki/BOINC#.D0.9E.D1.80.D0.B3.D0.B0....

Так же вряд ли открою Америку если скажу, что основная часть этих ресурсов простаивают без дела. Согласитесь, современному Quad'у не надо сильно напрягаться чтобы показать вам Gmail в огнелисе и покрутить музыку в фоне.

Не сказать, что мне до всего этого есть дело, но в прошлую пятницу я узнал о проекте BOINC. Знаете, это тот самый случай, когда мне так понравилась сама идея, что я сразу же установил себе эту программу на нетбук и на рабочий комп (который кстати, как и у многих не выключается на ночь и на выходные, что опять-таки значит, что работает он в холостую).

http://ru.wikipedia.org/wiki/SETI@home

Так, что же такое Boinc? Если совсем просто, то это некий сервис, который предоставляет свободные ресурсы вашего компьютера в распоряжение различных научных проектов по всему миру. Самым известным примером конечно является SETI@Home. Самая романтическая, наверное, задача над которой может трудится ваш компьютер вкупе с тысячами других по всему миру. Но список проектов на самом деле довольно велик. Лично я для себя выбрал rosetta@home - проект медицинской направленности призванный найти лекарства от многих болезней.

Больше всего в Boinc мне понравился механизмы контроля нагрузки. Мой слабенький рабочий компьютер как проклятый трудится над свёртываемостью белков, а я не ощущаю "тормозов" ни в одной из запущенных программ. Иными словами, лично вам работа сервиса не помешает никак.

Что лично вы будете иметь с этого? Ничего. Проект абсолютно добровольный и не предполагает каких-либо наград кроме абстрактных очков внутреннего рейтинга каждого проекта.

В Ubuntu BOINC ставится совсем тривиально sudo apt-get install boinc. После этого в Приложения-> Системные утилиты можно будет найти его монитор. Всё. Запускаете и добавляете проект/проекты по своему вкусу. Дальше можно забыть и закрыть программу с чувством, что теперь системный блок не зря греет воздух по ночам.

А вы поставите себе Boinc?